Prowadzona działalność naukowo-badawcza jest związana z ochroną, profilaktyką i promocją zdrowia, w ramach realizacji Narodowego Programu Zdrowia, umożliwiającą stały rozwój wiedzy na wysokim poziomie. Działalność ta wynika z funkcji Instytutu Matki i Dziecka jako organu doradczego Ministerstwa Zdrowia w sprawach dotyczących szeroko pojętej profilaktyki problemów zdrowia publicznego, inicjatyw ustawodawczych, (realizowanego do 2001 roku nadzoru merytoryczno-organizacyjnego, nadzoru krajowego w dziedzinie położnictwa i ginekologii - 1997-2001), a obecnie nadzoru krajowego w dziedzinie neonatologii (od 2002r).